O modelo organizacional e funcional da ERSAR assenta numa estrutura constituída por:
- Conselho de Administração;
- Departamentos operacionais (constituídos pelo Departamento de Sistemas de Resíduos, Departamento de Sistemas de Águas, Departamento de Gestão por Contrato, Departamento de Gestão Direta, Departamento Jurídico e Departamento da Qualidade);
- Departamentos de apoio técnico e administrativo (constituídos pelo Departamento Administrativo, Financeiro e de Recursos Humanos e Departamento de Gestão de Tecnologias e Informação);
- Núcleo de Apoio ao Conselho de Administração, que depende exclusivamente deste.
O modelo organizacional da ERSAR integra ainda os restantes órgãos previstos na legislação, Conselho Consultivo, Conselho Tarifário e Fiscal Único.